Monteriggioni, costruita nel XII secolo dai signori di Siena, fu una roccaforte di difesa delle genti di toscana contro l' aggressività fiorentina. tra i protagonisti del conflitto vi fu la famiglia Auditore, che governò e protesse la città. Agli auditore di deve la costruzione delle possenti mura, ancora oggi intatte.
Nel 1290, Domenico Auditore costruì la Villa Auditore nel borgo Monteriggioni. Domenico e suo figlio utilizzarono Monteriggioni come base delle loro operazioni nella loro guerra segreta contro i Templari. Nel 1296, Domenico costruì la Cripta Auditore in città. Inoltre nascose un' armatura, appartenuta un tempo ad Altaïr Ibn-La'Ahad nel Santuario degli Assassini sotto la Villa, che può essere sbloccata solo con i Siglilli degli Assassini, nascosti in tombe segrete in tutta Italia.
Nel 1454, Mario Auditore divenne sovrano di Monteriggioni, quando suo fratello Giovanni, si trasferì a Firenze. La città fu attaccata frequentemente da Firenze, che ha mandato Monteriggioni in rovina. Durante questo periodo, ha scoperto che un uomo di nome Luciano Pezzati stava causando delle faide tra le famiglie cittadine. Dopo essere stato catturato e interrogato ha rivelato che Firenze stava pianificando un attacco su larga scala su Monteriggioni. Le forze fiorentine, guidate da Federico da Montefeltro, un feroce condottiero, attaccarono Monteriggioni, ma perse la battaglia. Dopo questo successo, Mario continua ad interrogare Luciano, e scopre che lo scopo dell'attacco fiorentino è stato quello di acquisire un antico artefatto nascosto sotto la città. Mario scoprì la Sindone, nascosta nelle miniere della città. Probabilmente la Sindone fu nascosta da Domenico Auditore.
Nel 1476, il nipote di Mario, Ezio Auditore da Firenze, si rifugiò a Monteriggioni, e in seguito finanziò la ricostruzione del borgo, divenendo co-reggente con Mario. Per oltre venti anni, Monteriggioni prosperò. Nei primi di gennaio del 1500, Cesare Borgia, di ritorno dalla campagna militare in Romagna, assediò Monteriggioni. La città, con Mario morto e senza Ezio, che era andato a Roma, venne comunque ricostruita e gli Auditore, dopo quasi una decina d' anni, tornarono a governare la città. Tuttavia, la Villa Auditore non tornò più al suo antico splendore.
Monteriggioni respinse a lungo gli assalti della città di Firenze fino al 1554, quando la città fu tradita. Giovannino Zeli, capo della guarnigione ed esule fiorentino, consegnò le chiavi della città in cambio del permesso di poter ritornare a Firenze.
Stranamente agli Auditore fu permesso di continuare a governare la città sotto l' egida di Firenze, dimostrando così che i Medici non dimenticavano mai gli amici.
Nel 2012, Desmond Miles, Lucy Stillman, Shaun Hastings e Rebecca Crane, Assassini moderni, arrivarono a Monteriggioni, dopo una fuga dal loro nascondiglio originale. Essi crearono un altro nascondiglio nel Santuario sotto la Villa Auditore. In questo periodo Desmond riviveva i ricordi di Ezio mentre combatteva la Famiglia Borgia a Roma. Qui, il team di Assassini localizzano la Mela dell' Eden di Ezio, che è stata alterata da Minerva in qualche modo. Desmond e gli altri arrivano all'interno del comune di Monteriggioni, e, per via delle torri cellulari dell' Abstergo, Desmond e Lucy accedono velocemente tramite dei cunicoli segreti, attraverso i quali Ezio assieme agli abitanti fuggirono, al Santuario. Desmond è stato quindi incaricato di far ricevere energia elettrica alla base temporanea, e, dopo aver connesso quattro centraline elettriche al Santuario, Desmond per accede all' Animus 2.0 e scopre la posizione nascosta dell' FdE di Ezio.
