Il Santuario è un luogo che appare in Assassin's Creed II ed in Assassin's Creed: Brotherhood. Fu creato da Domenico Auditore come tributo ai più grandi Assassini nella storia, e si trova sotto Villa Auditore, a Monteriggioni, con il suo ingresso nascosto dietro una libreria nello studio di Mario Auditore. Fu rivelato da Mario a suo nipote Ezio per invitarlo a sbloccare l'Armatura di Altaïr.
Ospita sette statue di sette Assassini. Sei di queste statue corrispondono a dei Sigilli degli Assassini che devono essere raccolti per sbloccare il cancello, dove dietro è contenuta la settima statua: quella di Altaïr Ibn-La'Ahad, e l'armatura che quest'ultimo forgiò grazie alla Mela dell'Eden.
In Assassin's Creed: Brotherhood, il Santuario viene utilizzato come nascondiglio per Desmond Miles e gli altri Assassini, dopo che il nascondiglio precedente fu scovato dall'Abstergo alla fine di Assassin's Creed II. Tuttavia, poiché il Santuario non ha alcuna fonte di elettricità, Desmond deve deviare la corrente di Monteriggioni.
Da sinistra a destra:
Qulan Gal
Darius
Wei Yu
Altaïr Ibn-La'Ahad
Amunet
Iltani
Leonius
La griglia circolare nel cortile sul retro della Villa Auditore è la parte superiore del Santuario, che permette alla luce di entrarvi dentro.
È possibile esaminare tutte le statue ad eccezione di quella di Altaïr. Inoltre, il volto della statua di Altaïr non somiglia affatto al volto dell'Assassino.
In Assassin's Creed: Brotherhood, Ezio e gli abitanti del villaggio di Monteriggioni hanno utilizzato un uscita segreta situata dietro la statua Altaïr per sfuggire alle forze papali.
In Brotherhood, Lucy Stillman e Desmond Miles percorrono un tunnel sotterraneo per raggiungere il Santuario, per poi utilizzarlo come nuova base. È all'interno di queste gallerie che Desmond, attraverso l' Effetto Osmosi, vede Ezio Auditore ed altri abitanti del villaggio di Monteriggioni fuggire dall' esercito pontificio.
In Brotherhood, uno dei computer di Lucy nel Santuario visualizza il menu principale di Assassin's Creed: Project Legacy.
In Brotherhood', anche se la griglia nella parte superiore del Santuario appare rotta dall' interno, se vista da fuori, sembra intatta.
Desmond Miles, attraverso l'Effetto Osmosi, assiste al ritorno di Ezio al Santuario.
I capitelli delle colonne che sorreggono il passaggio che dall'ufficio di Mario porta al Santuario degli Assassini, cambiano da Assassin's Creed II ad Assassin's Creed: Brotherhood. In Asssassin's Creed II è possibile notare un leone che incrocia le ali, mentre in Brotherhood questo elemento decorativo scompare. Al suo posto rimane solo un capitello spoglio. Inoltre, nei muri ci sono ora delle lanterne.
Darius fa parte dell'Antica Grecia se non sbaglio.